免疫系统（immune system）是机体识别“自己”和“非己”，发挥免疫应答功能以维持自身稳定的组织系统，是机体发生免疫应答的物质基础。
人和高等动物的免疫系统包括免疫器官和组织、免疫细胞及免疫分子。 其中，免疫细胞就是各种血细胞，执行免疫应答功能最重要的为淋巴细胞。
免疫器官按其功能不同可分为中枢免疫器官和外周免疫器官，二者通过血液循环及淋巴循环互相联系。
中枢免疫器官（central immune organ），或称初级淋巴器官，是免疫细胞发生、分化、成熟的场所，哺乳动物的中枢免疫器官包括胸腺和骨髓。
外周免疫器官（peripheral immune organ）是成熟T、B 细胞定居的场所，也是这些淋巴细胞对外来抗原产生免疫应答的主要部位。 外周免疫器官包括淋巴结、脾脏、黏膜相关淋巴组织和皮肤相关淋巴组织，如扁桃体、阑尾等。
而免疫细胞泛指所有参与免疫应答或与免疫应答有关的细胞及其前体，包括造血干细胞、淋巴细胞、抗原提呈细胞及其他免疫细胞等所有血细胞。