税务稽查机关的基本结构如下：直辖市、副省级城市、计划单列市、地级(州、盟)城市设国家税务总局xx市税务稽查局，负责全部辖区内举报案件的受理与大案、要案的检查，同时分设第一稽查局、第二稽查局、第三稽查局……(数量多少视情况而定)，负责分管辖区的税务稽查工作，市稽查局对其他区域稽查局有业务管理和指导职能。
例如，重庆市设有稽查局和第一至第八稽查局。稽查局主要负责组织落实税务稽查法律、法规、规章及规范性文件，拟订具体实施办法；统筹稽査案源管理，协调、指导、考核本系统税务稽查、社会保险费和有关非税收入检査工作；组织查办督办税收重大违法案件；承担推行“双随机、一公开”监管工作；承担税收违法“黑名单”公布及联合惩戒工作；组织落实税务部门和公安部门联络机制；参与实施“一案双查”等工作。第一至第八稽查局，除承担市税务局列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作外，还需承担各自辖区税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。具体辖区和分工如下：
第一稽查局：北碚区、合川区、铜梁区、潼南区、梁平区和重庆两江新区；
第二稽查局：江北区、渝北区、长寿区、垫江县、第一税务分局(大企业税收服务和管理局)所辖区域以及第二税务分局(出口退税服务和管理局)所对应出口退税业务税收违法案件的查处以及查办案件的执行工作。
第三稽查局：渝中区、沙坪坝区、忠县、重庆两路寸滩保税港区、重庆西永综合保税区和第三税务分局所辖区域。
第四稽查局：大渡口区、九龙坡区、江津区、石柱县和重庆高新技术产业开发区所辖区域。
第五稽查局：南岸区、巴南区、南川区、綦江区、万盛经济技术开发区和重庆经济技术开发区所辖区域。
第六稽查局：万州区、开州区、城口县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县和万州经济技术开发区所辖区域。
第七稽查局：黔江区、涪陵区、武隆区、秀山县、酉阳县和彭水县所辖区域。
第八稽查局：永川区、大足区、璧山区、荣昌区、丰都县和双桥经济技术开发区所辖区域。
此外，2017年12月，国家税务总局新设驻北京、重庆、广州特派员办事处。办事处职能是承担对省区市税务机关贯彻执行党中央、国务院决策部署情况的督查、税收执法合规性检查、财务内审、跨区域涉税大案要案稽查等任务。2018年特派办首次对选定的部分千户集团成员企业进行检查，取得明显成果。
与国地税合并前相比，纳税人接受税务检查的方向已经变得简单。一般情况下，只会受到来自所在区所属稽查局的税务检查;特殊情况下，会受到来自国家税务总局某特派员办事处的检查。这对纳税人来说是一件好事，因为，与过去相比，被检查的概率下降了。